一般来说，有关于高新技术企业专项审计开展流程，其大致按照如下程序来进行：

　　1、由申请企业自主选择第三方审计代理公司进行业务委托(需在对审计代理公司经营资质、服务团队、客户口碑等方面进行充分了解的基础上进行);

　　2、审计代理公司和申请企业进行初步沟通了解，确定企业的审计目的、审计范围等事项，然后由审计公司对申请企业的审计风险进行专业评估;

　　3、评估通过后双方签署正式审计服务协议，明确审计收费、双方权责和义务等事项，并进行初步资料交接;

　　4、审计代理公司组建专属项目小组，发放给委托企业高新技术企业专项审计所需准备的资料清单;

　　5、申请企业按照资料清单准备相关审计材料;

　　6、审计代理公司的审计工作组根据企业资料制定具体高新技术企业审计工作计划，为审计工作实施打好基础;

　　7、与被审计企业确定现场审计时间，发放《审计通知书》;

　　8、审计人员入场，对企业提供的审计资料进行审查，并对期间发现的审计问题进行详细记录，形成审计工作底稿;

　　9、复核审计工作底稿，在此基础上形成初步意见;

　　10、与被审计企业交换审计意见;

　　11、在双方达成一致的基础上，出具高新技术企业专项审计报告。